有敌军入侵的消息几乎在烈焰升起的同时传到了本能寺。本能寺的寝殿内，也传来了和历史上一样的询问声：
“定然有人反叛，去，看看叛乱者是谁。”
小姓领命而去，不一会就匆匆跑回。
“桔梗旗，是明智日向守的部队！”
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“包围本能寺，任何一个街道都不要放过，封锁鸭川西岸本能寺周围所有出入口，再切断从本能寺前去二条城的路径。”
此时，明智光秀正策马奔驰在燃起熊熊火光的京都内，对快速移动着的明智军们下令道，“对手是织田信长的话，半点差池都不能有。”
此时，由于京都大火，已经有无数居民从睡梦中醒来开始逃难，慌乱的京都里人仰马翻，大有十几年前三好义贤火烧京都时的乱象。
“殿下，您知道您到底在干什么吗？”虽然在执行命令时没有丝毫犹豫，但是脸色铁青的斋藤利三还是没有放弃劝谏明智光秀，“您这是要谋反吗？”
“我要给红叶复仇。”明智光秀神色平静得令斋藤利三害怕。
“您这个时候反，除非能够在这里杀了织田信长让天下再次大乱，否则明智家就要万劫不复了。”斋藤利三冷汗直冒，声音都有些变了调。
“我已经把孩子送到堺町了，此时此刻估计已经到了吧。”明智光秀非常从容不迫地回答道。
“殿下…您到底是疯了还是没有疯？”斋藤利三彻底放弃了理解明智光秀的努力，只是干笑了两声，“在下是懂不了您了。但是在下现在只懂一个道理——事已至此，我们必须要在这里杀了织田信长了。”
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明智军的部队快速移动，很快就完成了对本能寺的彻底包围。此时，派去南方的斥候回报，驻扎在东寺一带的蒲生氏乡率领的织田家旗本队似乎已经察觉到了危险，开始集结了。索性他们人数不多，应该奈何不了明智军。
明智军已经先本能寺的守军一步，夺下了寺外马厩的控制权，而明智家的骑兵也快速堵塞了本能寺的出口，将试图逃跑的织田军给全部赶回了寺内。随后明智光秀亲自下马入寺，指挥对寺庙的围攻。正如情报上所显示的那样，本能寺内只有织田信长身边的上百小姓，甚至连守卫都没有多少。织田家的所有忍者基本都被派出去弹压因为因谋杀雨秋平而起的诸多谣言与骚乱，以至于京都异常空虚。这个一贯自信的魔王，眺望着远方的同时，却忽略了脚下的危险。
明智光秀入寺时，寺庙的外围已经被基本压制，织田信长小姓们的尸体零落地倒在各种地方，其中还有不少明智光秀认识的人。而此时，明智军正在围攻本能寺内的那处长廊，织田家的小姓们正在奋力抵抗。边上的几个回廊已经被火焰点燃，映照出两军搏杀的模样。
“织田信长找到了吗？”明智光秀向正在领军围攻的妻木广忠问道，后者则一脸困惑地连连摇头。
“没有看到织田信长，但是却出现了不少织田信忠的侍卫，非常奇怪。”妻木广忠双眉紧锁，握着刀的手把武士刀反复做着拔刀收刀的姿势，看起来就很烦躁。
“织田信忠？”就在明智光秀感到诧异的时候，走廊上却突然想起了一声低吼。
“吾乃织田城介信忠，尔等兵士，何故作乱！”
织田信忠的一声大吼立刻让他成为了战场上的焦点，除了正在生死搏斗的人之外，其余的人都将视线投向了一身武士服、手持刀鞘的织田信忠身上。他此刻正屹立于长廊上，对着明智军的士兵们大吼道。
“为红叶殿下报仇雪恨！”明智光秀清了清嗓子，同样朗声应道，“叫织田信长出来，我要亲自结果了他！”
“明智殿下？”认出了明智光秀声音的织田信忠大吃一惊，随后又环顾了寺内一圈，低声确认道，“所以这不是兵士作乱，而是您主导下明智家的叛乱吗？”
“为友复仇，为义讨逆，为万民请命，何来叛乱一说？”明智光秀也不顾自己火光下的女人妆容是否引起了众人的意外，高声应道，“不必多说，快叫织田信长出来！我只要他一人性命，与他人无关！”
“明智殿下！红叶殿下是我一直一来最为敬重的长辈，他也帮了我许多，我一直铭记在心！他的事情，我也深感遗憾，日后定当想办法替他讨个说法。若是没办法为红叶殿下昭雪，我在此发誓，愿切腹明志！只是征伐雨秋一事，也是因为雨秋家的过激反应而起。雨秋家杀害了本家忍者和旗本，若是不做表态，织田家实在颜面扫地，还望明智殿下谅解！明智殿下的愤怒，我也感同身受！还请您在此收兵，我愿以武士的荣誉保证对明智军此事既往不咎！”织田信忠言辞恳切，同时非常低姿态地向明智光秀行了一礼，周围不少明智军的士兵见状都有些犹豫，可是明智光秀却是连半点动摇都没有，直接从身旁的一个铁炮足轻手里拿过已经点燃火绳的铁炮，就对准了织田信忠，同时厉声道：